国内刊号:37-1390/R
国际刊号:1671-7554
发布日期:
作者:张秋萍,朱慧志,吕川,夏咏琪,张秀
单位:1.安徽中医药大学第一临床医学院, 安徽 合肥 230031;2.上海中医药大学附属曙光医院安徽医院呼吸(老年病)科, 安徽 合肥 230031;3.安徽中医药大学第一附属医院呼吸内科, 安徽 合肥 230031
关键词:哮喘,基因表达综合数据库,铁死亡,自噬,生物信息学,
基金:安徽省第六批特支计划创新领军人才资助项目(皖组办字[2020]24号)
目的 利用生物信息学分析方法,鉴定自噬和铁死亡过程的共同哮喘基因。 方法 从基因表达综合(Gene Expression Omnibus, GEO)数据库中获取哮喘相关的GSE74986数据集,利用GEO2R在线工具进行分析,通过设定|log2 FC|≥1和P校正< 0.05的标准,筛选出差异表达基因(differential expression genes, DEGs)。使用韦恩图获得重叠的铁死亡和自噬相关DEGs。进行功能和通路富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析和Cytoscape软件算法鉴定枢纽基因。构建转录因子(transcription factor, TF)、miRNA与枢纽基因之间的相互作用网络。分析枢纽基因在哮喘组织中免疫细胞浸润情况。通过受试者工作特征(receiver operating characteristic, ROC)曲线分析来验证枢纽基因的诊断价值。动物实验验证枢纽基因。 结果 共鉴定出105个自噬相关的DEGs 和 37个铁死亡相关的DEGs。这些 DEGs 分别参与自噬、PI3K-Akt、铁死亡、PPAR等信号通路。筛选出10个枢纽基因(HSPA8、NPM1、HNRNPA2B1、HNRNPA1、HSPA5、EEF1A1、G3BP1、TFRC、GABARAPL1和XBP1),其可靶向61种miRNAs和17种TFs。免疫浸润分析表明,枢纽基因与M0型巨噬细胞、活化的NK细胞及 M1型巨噬细胞之间存在相关性。ROC曲线分析结果表明,枢纽基因在哮喘诊断中具有较高价值。动物实验证实,模型组肺组织中HSPA8、NPM1、HNRNPA2B1、HNRNPA1、HSPA5的蛋白表达水平低于正常组。 结论 筛选的枢纽基因HSPA8、NPM1、HNRNPA2B1、HNRNPA1、HSPA5、EEF1A1、G3BP1、TFRC、GABARAPL1和XBP1可能是哮喘患者的潜在治疗靶点。
来源:2026年第1期
《山东大学学报(医学版)》期刊编辑部