山东大学学报(医学版)

作者：袁珊,杨玉莹,许梅梅,胡广泽,唐娟,高蕊

单位：石河子大学医学院生物化学教研室 新疆地方与民族高发病教育部重点实验室, 新疆 石河子 832000

关键词：大脑中动脉阻塞,mRNA,lncRNA,结构变异,可变剪切,

基金：国家自然科学基金(32260142);新疆生产建设兵团区域创新引导计划(2021BB002);石河子大学校级项目(ZZZC202081B)

目的 通过深度测序技术获得响应脑缺氧、缺血应激的mRNAome与lncRNAome结构变异与基因表达的基础数据,为缺血性脑卒中临床应用研究提供可用的靶标基因以及分子标志物。 方法 采用线栓法构建大鼠缺氧、缺血以及再灌注损伤模型,脑切片TTC染色以及行为学评分法评估模型。采用深度测序技术对皮层样本全转录组进行测序,采用生物信息学方法分别鉴定与筛选转录本、转录本结构变异以及差异表达的基因,采用qRT-PCR方法验证差异基因的表达。 结果 应用Longa法构建大鼠MCAO模型。缺血缺氧处的脑组织在TTC染色后呈现苍白色,与非梗死区域的红润颜色形成鲜明的对比。高通量测序共产生108.54 G大小的测序数据,分别鉴定出30 829个mRNA和31 183个lncRNA转录本。MCAO组全转录组所产生的SNP、Indel总数显著低于对照Sham组,而mRNA的Indel数目则相对保守,在两组间差异并无统计学意义。mRNA可变剪切体数目显著多于lncRNA,但mRNA和lncRNA转录本的可变剪切体总数目在两组间差异无统计学意义。本研究筛选出2 608个mRNA和551个lncRNA在两组间表达差异存在统计学意义,挑选了9个已被证明响应缺血缺氧而表达上升的已知基因作为双盲测试子,经检索后发现该9个上调基因全部落在2 608个差异表达的基因数据集中,qRT-PCR结果进一步证实该9个基因表达量趋势亦同测序数据表达趋势,说明测序数据较为准确、可靠。 结论 一部分影响转录本加工与剪切的mRNA与lncRNA在缺氧缺血以及再灌注损伤后活化,可能抑制了部分转录本的转录以及RNA编辑与加工的能力,进而影响了缺血性脑卒中关键靶基因的表达。

来源：2023年第11期

《山东大学学报(医学版)》期刊编辑部

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