山东大学学报(医学版)

北大核心,CA,JST,WJCI,

国内刊号:37-1390/R

国际刊号:1671-7554

山东大学学报(医学版)杂志2022年第10期:生物信息学方法分析与宫颈癌有关联的基因

发布日期:

作者:修德健,高正文,宋婷婷,崔楠,崔静,孙健平

单位:1.青岛大学公共卫生学院, 山东 青岛 266000;2.青岛市崂山区疾病预防控制中心, 山东 青岛 266100;3.青岛城阳古镇正骨医院麻醉科, 山东 青岛 266000;4.青岛大学附属青岛市中心医院质控部, 山东 青岛 266000;5.青岛大学附属医院医院管理研究所, 山东 青岛 266000;6.青岛市疾病预防控制中心 青岛市预防医学研究院, 山东 青岛 266033

关键词:宫颈癌,差异表达基因,加权基因共表达网络分析,富集分析,蛋白互作分析,生物标志物,

基金:青岛糖尿病预防项目(WDF05-108,WDF07-308);青岛市科技局立项(19-6-1-5-nsh);青岛市2017年度医药科研指导计划(2017-WJZD129,2017-WJZD134);青岛市医疗卫生优秀人才培养项目

目的 通过TCGA和GEO数据库筛选与宫颈癌相关的关键基因,探讨其分子机制及临床意义。 方法 通过TCGA和GEO数据库获取宫颈癌的基因表达谱数据,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取宫颈癌与正常宫颈组织差异表达基因(DEGs),对DEGs进行富集分析、蛋白-蛋白互作网络(PPI)分析并识别关键基因,进一步对关键基因与预后及蛋白表达、以及与宫颈癌免疫浸润的关系进行分析。 结果 通过TCGA与GEO数据库中共得到88个宫颈癌DEGs,GO分析发现大部分基因与核染色体减速分裂、核染色体分裂、染色体集缩、核染色体等相关;KEGG信号通路分析发现宫颈癌DEGs参与了细胞周期、DNA复制、卵母细胞减数分裂、p53信号通路、同源重组等信号通路。鉴定出20个宫颈癌关键基因,仅有丝分裂阻滞缺陷2样蛋白1(MAD2L1)低表达患者的总生存期(OS)长于MAD2L1高表达患者(P=0.013),但MAD2L1高表达患者的无病生存期(DFS)与低表达患者差异无统计学意义(P>0.05),宫颈癌组织中MAD2L1蛋白高于正常组织。TIMER在线软件分析显示,MAD2L1与肿瘤的免疫浸润水平均相关(P<0.05)。 结论 发现了与宫颈癌相关的候选基因MAD2L1,其与宫颈癌患者的预后及免疫浸润均有关,可能成为宫颈癌预后预测及治疗的新靶点。

来源:2022年第10期

《山东大学学报(医学版)》期刊编辑部

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